لم تواصل قطر دعمها الاقتصادي الذي كانت تقدمه للحكومة المصرية إبان عهد الرئيس الأسبق محمد مرسي، في وقت قدمت فيه دول الخليج الأخرى دعمًا كبيرًا لمصر. وبعد عزل مرسي في 2013، رفضت قطر تحويل ملياري دولار إلى سندات، ضمن مبلغ 3 مليارات دولار أعطتها لمصر أثناء حكم مرسي، رغم موافقتها في بداية الأمر، لكنها غيرت رأيها بعد ذلك وطالبت بالتأجيل، وهو ما رفضه البنك المركزى وأدى ذلك إلى رد الوديعة، ما أثر سلبًا على صافى الاحتياطيات من النقد الأجنبي لدى البنك. وأكد مسؤول بارز فى وزارة المالية، آنذاك، أن قطر وضعت شروطا وصفها بـ"المجحفة"، وأضاف: "طلبوا أن تكون أسعار الفائدة على السندات فى حدود ٥%، وأن يكون أجل استحقاقها عامًا". وخلال عام واحد فقط بعد عزل محمد مرسي، من 2013 حتى 2014، كانت مصر سددت نحو 6 مليار دولار من الأموال المستحقة لقطر، والتي طالبت الدوحة بسدادها في وقت استحقاقها. وفي 2016، أعلن البنك المركزي تسديد آخر الدفعات لقطر، وكانت عبارة عن سندات بقيمة مليار دولار، طرحتها مصر في عهد محمد مرسي وقام بتغطيتها بنك قطر الوطني. تصريح محمد بن عبد الرحمن آل ثاني، جاء خلال مشاركته في أعمال منتدى "الحوار المتوسطي" في روما.